滇池金线鲃背鳍4+7；臀鳍3+5；胸鳍1+15；腹鳍1+8-9。鳃耙5-7。侧线鳞61，侧线上鳞21-25，侧线下鳞10-12。

滇池金线鲃体侧扁，头的背面平直，中部稍下凹，头后背部隆起；体长为体高3.7-4.2倍，为头长3.4-3.7倍；尾柄长为尾柄高2倍。头中大；头长为吻长3.0-3.3倍，为眼径3.8-5.1倍，为眼间隔3.2-3.8倍，为吻须长3.7-5.0倍，为口角须长3.0-3.9倍。吻端尖。鼻孔位于眼的前上方，离眼前缘比离吻端为近。眼在头侧的前上方。口角须长于吻须，伸达眼后缘的下方。口次下位，上颌长于下颌。上、下唇在口角处相连。唇后沟向前伸展，但左右不相连。鳃盖膜与峡部相连。鳃孔上角位于眼上缘水平线上。鳃耙短小，排列稀疏。下咽齿顶端弯曲，3行，2，3，4/4，3，2。鳞圆形，侧线鳞较大，侧线上下的鳞片比侧线鳞小，全身被鳞，呈覆瓦状。头部侧线管发达，有放射状分支；侧线从鳃孔上角向下徐徐弯曲，以后平直伸人尾柄的正中。腹鳍基部具狭长的腋鳞。背鳍外缘稍内凹或平截，末根不分支鳍条基部变粗、变硬，其后缘有锯齿，顶端柔软分节，起点在腹鳍起点稍后，距尾鳍基较距吻端为近，头长为背鳍刺长1.3-1.8倍。臀鳍起点紧接肛门之后，至腹鳍起点的距离较至尾鳍基的距离为近，向后不伸达尾鳍基。胸鳍不伸达腹鳍起点。腹鳍向后不伸达臀鳍起点。尾鳍叉形。

滇池金线鲃体背部灰暗，腹部灰白，头背及侧线以上有不规则的黑色斑块，疏密程度因个体而有差异。胸鳍、背鳍及尾鳍较黑。腹鳍和臀鳍灰白。